ゲノム情報解析

〜次世代シーケンサーの最新の方法と応用〜

発刊日：2016年3月18日　　体　裁：B5判 508頁　　定　価：39,600円(税込）

発行：（株）エヌ・ティー・エス　　販売：（株）技術情報協会　　ＩＳＢＮ：978-4-86043-458-8

石井　一夫
（いしい　かずお）

東京農工大学特任教授

専門分野：数理モデリング，予測分析，計算機統計学，データマイニング，バイオインフォマティクス，ビッグデータ＆クラウドコンピューティング，ゲノム科学

著書：「R による計算機統計学」（翻訳，オーム社，2011），「翻訳バイオエレクトロニクス」（翻訳，エヌ・ティー・エス，2008），「統計解析環境R によるバイオインフォマティクスデータ解析」（共立出版，2007），「ソフトウェアエンジニアリング論文集80's〜デマルコセレクション」（翻訳，翔泳社，2006），「図解よくわかるデータマイニング」（日刊工業新聞社，2004）ほか

静岡大学グリーン科学技術研究所教授
（グリーンバイオ研究部門育種生物工学グループ，および研究支援室ゲノム機能解析部を担当），その他，静岡大学創造科学技術大学院統合バイオサイエンス部門/ 大学院総合科学技術研究科生物情報科学副専攻等を兼任

専門分野：ゲノム機能解析，ゲノム育種工学，次世代シーケンス解析に基づく大粒・短稈・バイオマス遺伝子を統合したスーパーコシヒカリの開発，トランスポゾン

著書：「新バイオの扉−未来を拓く生物工学の世界−」（裳華房，2013），“New Developments in Chromatin Research”（Nova Science Publishers Inc., 2012），「クロモソーム植物染色体研究の方法」（養賢堂，2006），“Advances in Rice Genetics”（International Rice Research Institute，2003），「植物育種学各論―作物の特性と育種―」（文永堂出版，2003），“Food Security and Environment Protection in the New Millennium”（ACSA/SABRAO/FCSSP，2001）ほか分担執筆

東京農工大学遺伝子実験施設教授

専門分野：遺伝子工学，ウイルス学

著書：「遺伝子治療・診断の最先端技術と新しい医薬品・診断薬の開発」（分担執筆，技術情報協会，2014），「新バイオの扉」（分担執筆，裳華房，2013），「バイオ実験誰もがつまずく失敗＆ナットク解決法」（分担執筆，羊土社，2008），「廣川タンパク質化学第4 巻酵素4.5 イソメラーゼ・リガーゼ」（分担執筆，廣川書店，2003），「バイオの扉」（分担執筆，裳華房，2000），「分子細胞生物学辞典」（分担執筆，東京化学同人，1997）

東京テクニカルカレッジ・バイオテクノロジー科講師，東京農工大学農学府非常勤講師，公立前橋工科大学工学部非常勤講師，工学院大学工学部非常勤講師，放送大学非常勤講師

専門分野：遺伝子解析技術，分子腫瘍医学，遺伝子リテラシー教育

著書：「電気泳動なるほどQ＆A 改訂版」（編/ 著，羊土社，2012），「バイオ実験超基本Q＆A 改訂版」（羊土社，2010），「バイオ研究のためのラボワーク入門」（講談社，2010），「バイオ実験誰もがつまずく失敗＆ナットク解決法」（編/ 著, 羊土社，2008），「最適な実験を行うためのバイオ実験の原理」（羊土社，2006），「電気泳動なるほどQ ＆ A」（編/ 著，羊土社，2005），「微生物実験マニュアル（第2版）〜培養から遺伝子操作まで〜」（分担執筆，技法堂出版，2003），「これからのバイオインフォマティクスのためのバイオ実 験入門」（編/ 著，羊土社，2002），「バイオ実験トラブル解決超基本Q ＆ A」（羊土社，2002），「バイオ実験超基本Q＆A」（羊土社，2001），“Clinical Applications of Capillary Electrophoresis”（分担執筆，Humana Press Inc.，1999），「臨床DNA 診断法」（分担執筆，金原出版，1995）

1章　構造変異の同定

Identification of Structural Variation

Suzanne S. Sindi and Benjamin J. Raphael

2章　RNAの単離，特性解析およびシーケンシング（RNA-Seq）の方法

Methods for RNA Isolation, Characterization, and Sequencing(RNA-Seq)

Paul Zumbo and Christopher E. Mason

3章　RNAシーケンシングデータからのトランスクリプトームの再構成と定量

Transcriptome Reconstruction and Quantification from RNA Sequencing Data

Sahar Al Seesi, Serghei Mangul, Adrian Caciula, Alex Zelikovsky and Ion Ma. ndoiu

4章　次世代シーケンシングデータからの干渉性低分子RNAの同定

Identification of Small Interfering RNA from Next-generation Sequencing Data

Thomas J. Hardcastle

5章　ChIP-Seqデータにおけるモチーフ発見とモチーフ検出

Motif Discovery and Motif Finding in ChIP-Seq Data

Ivan V. Kulakovskiy and Vsevolod J. Makeev

6章　哺乳類エンハンサーの予測

Mammalian Enhancer Prediction

Dongwon Lee and Michael A. Beer

7章　ヌクレオソームポジショニングのためのDNAパターン

DNA Patterns for Nucleosome Positioning

Ilya Ioshikhes

8章　がんにおける高メチル化

Hypermethylation in Cancer

Marta Sanchez-Carbayo

9章　ゲノム配列における転移因子群の同定と解析

Identification and Analysis of Transposable Elements in Genomic Sequences

Laurent Modolo and Emmanuelle Lerat

10章　メタゲノミクス解析の現状

The Current State of Metagenomic Analysis

Pieter De Maayer, Angel Valverde and Don A. Cowan

11章　メタトランスクリプトミクス

Metatranscriptomics

Atsushi Ogura

12章　ショットガンおよびアンプリコンの次世代シーケンシングリードからの ウイルス疑似種のスペクトルの推定

Inferring Viral Quasispecies Spectra from Shotgun and Amplicon Next-generation Sequencing Reads

Irina Astrovskaya, Nicholas Mancuso, Bassam Tork, Serghei Mangul, Alex Artyomenko, Pavel Skums, Lilia Ganova-Raeva, Ion M?ndoiu and Alex Zelikovsky

13章　細菌ゲノムにおけるDNA不安定性:原因と結果

DNA Instability in Bacterial Genomes: Causes and Consequences

Pedro H. Oliveira, Duarte M. F. Prazeres and Gabriel A. Monteiro

14章　RNA構造を予測するための比較方法

Comparative Methods For RNA Structure Prediction

Eckart Bindewald and Bruce A. Shapiro

15章　文脈自由文法とRNA二次構造予測

Context-free Grammars and RNA Secondary Structure Prediction

Markus E. Nebel and Anika Schulz

16章　確率文脈自由文法とRNA二次構造予測

Stochastic Context-free Grammars and RNA Secondary Structure Prediction

James W. J. Anderson