1節 全ゲノムシークエンス解析による変異/多型の検出
1.ゲノムシークエンス技術の進展
1.1 次世代シークエンサー
1.2 長鎖シークエンサー
2.ゲノム配列データの解析
2.1 配列データ
2.2 マッピング
3.変異や多型
3.1 生殖系列の変異や多型
3.2 体細胞変異
4.長鎖シークエンサーの解析
2節 エクソームシーケンス解析による遺伝子変異の探索
1.WES解析のパイプライン
1.1 WES解析パイプラインの概説
1.2 解析フローで登場する機器やソフトウェア
2.バリアントの評価
2.1 遺伝形式モデルの分類とアレル頻度による評価
2.2 バリアントの機能的な評価
3.CNVの探索
3.1 XHMMとjNordによるCNVの探索
3.2 WESデータを用いたCNV探索の有用性
4.ガイドラインを参考にしたバリアントの病原性の解釈
5.症例提示
3節 次世代シークエンス解析技術を用いた遺伝性疾患の疾患原因遺伝子変異の同定
1.NGSによるターゲット・リシーケンスの方法論
1.1 キャプチャープローブ法
1.2 アンプリコン法
1.3 Long PCR base法
2.NGSにおける解析パイプライン
3.遺伝子変異の検出可能範囲と問題点
3.1 遺伝子変異の多様性と測定範囲
3.2 遺伝子変異の検出限界
4.Long PCR base ターゲット・リシークエンスの新展開
4.1 臨床現場における遺伝子検査のニーズ
4.2 CoLAS法の開発
5.常染色体劣性遺伝性疾患における複合ヘテロ変異のphasingの問題
6.シークエンス結果のアノテーション
6.1 遺伝子機能に異常をきたすか
6.2 疾患の原因となる変異か
4節 メタゲノム解析による病原体検出法
1.次世代シークエンサー (Next generation sequencer: NGS)
とその特徴
2.メタゲノム解析による病原体検出のワークフロー
2.1 メタゲノム解析の全体像
2.2 病原体検出におけるNGSによるメタゲノム解析の利点
2.3 病原体検出におけるNGSによるメタゲノム解析の難点と改善策
2.4 NGS解読ライブラリ調整
2.5 バイオインフォマティクス (生物情報) 解析
2.6 解釈と報告
3.NGSによるメタゲノム解析の解釈と臨床的有用性
3.1 結果解釈
3.2 症例
4.メタゲノム解析の精度管理
4.1 内部コントロール
4.2 外部コントロール
4.3 その他の精度管理
5節 トキシコゲノミクスによるバイオマーカーの探索
1.血漿中miRNAの発現変動による肝障害の病型予測バイオマーカーの探索
1.1 バイオマーカーとしてのmiRNAについて
1.2 DILIのバイオマーカーとしてのmiRNAの探索
2.DILIにおけるエクソソームの役割
2.1 DILIにおけるエクソソームの役割の研究法
6節 エピゲノム創薬によるターゲット探索とその開発・応用動向
1.エピゲノム創薬における主要な制御標的
1.1 ヒストンのアセチル化制御
1.2 ヒストンのメチル化制御
1.3 DNAのメチル化制御
2.制御化合物を利用したエピゲノム解析の例
2.1 Chem-seq法による化合物の標的部位の同定
2.2こぶ穴戦略による標的タンパク質の選択的制御
2.3化合物による標的タンパク質の分解
7節 がんの発症に関与するエピゲノム異常の探索―非翻訳RNAによるエピゲノム制御―
1.DNAメチル化異常とがん
1.1 DNAメチル化とがん
1.2 DNAメチル化を利用した診断
2.非翻訳RNAとがん
2.1 long non-coding RNAとがん
2.2 核内構造とlncRNA
2.3 診断マーカー・治療標的としての lncRNA
3.液―液層相離を介したエピジェネティクス制御
3.1 液―液相分離によるクロマチン制御
3.2 液―液相分離による遺伝子発現制御
8節 エピジェネティクス異常の糖尿病性腎症の進行への関与と病態解析
1.研究の過程
1.1 網羅的なDNAメチル化解析法
1.2 DNA BeadChipを利用した解析
1.3 標的部位のメチル化解析
1.4 MethylCollector? Ultraキットを用いた解析(メチル化DNA結合蛋白を用いたChIP解析)
1.5 最終的に必要なbisulfite sequence解析
2.実験方法
2.1 マウス腎臓メサンギウム細胞抽出
2.2 MethylCollector? Ultraキットによるメチル化DNAの解析
2.3 ChIP アッセイによるDNAメチル化酵素のDNA結合状態の分析
2.4 Bisulfite sequence法によるDNAメチル化状態の詳細な検討
2.5 DNA脱メチル化の誘導因子の解析
2.6 DNA脱メチル化改善治療薬の開発の基礎研究
9節 アルツハイマー病、パーキンソン病におけるエピジェネティクス研究の動向と病態解明
1.孤発性神経変性疾患における後天的因子の意義
2.アルツハイマー病
3.パーキンソン病
10節 mRNA転写後制御の様々な生命現象,疾患における役割
1.核におけるmRNAプロセシング
2.mRNA修飾
3.mRNA翻訳
3.1 翻訳と共役した制御:タンパク質コード領域と終止コドン
3.2 遺伝暗号の書き換え(recoding, リコーディング)
4.翻訳開始の制御
4.1 遺伝子固有の制御:キャップ構造と5’非翻訳領域
4.2 ストレス依存的な翻訳開始制御
4.3 ストレス顆粒と疾患における液-液相分離構造
5.3’非翻訳領域における制御
5.1 mRNA分解制御機構
5.2 micorRNAによる制御
5.3 mRNA結合タンパク質による制御
11節 機械学習による遺伝子情報の解析技術と医薬品開発への応用
1.Structure Based Drug Design
2.AlphaFold2の衝撃
3.Ligand Based Drug Design
4.フェノタイプスクリーニング
5.DLと創薬
6.データベース
|